Po zainstalowaniu zestawu do składania podpisu elektronicznego, można go złożyć m.in. przy pomocy takiego oprogramowania jak proCertum SecureSign. Poniżej przedstawione zostało podpisywanie dowolnego dokumentu lub pliku.

Uwaga: Należy przygotować kartę i numer PIN.

• W pierwszej kolejności należy uruchomić aplikację proCertum SecureSign.

• po wciśnięciu przycisku Dalej, należy wybrać dokument, który ma być podpisany elektronicznie. Jeśli chcemy się upewnić, czy wybraliśmy właściwy dokument, możemy skorzystać z opcji Pokaż dokument, po czym przechodzimy do kolejnego kroku.

• teraz wybieramy rodzaj składanego podpisu – Podpis wewnętrzny (dołączony do dokumenty) lub Podpis zewnętrzny (osadzony w osobnym pliku). W pierwszym przypadku po złożeniu podpisu otrzymujemy jeden plik, w którym znajdują się zarówno dokument, jak i informacje o podpisie. W drugim przypadku w pliku podpisu znajdują się tylko informacje o podpisie - należy go dołączyć do dokumentu którego dotyczy.

• w kolejnym etapie zostaje przedstawiona polityka podpisu, aby przejść do kolejnego etapu należy wcisnąć przycisk Dalej.

• następnie użytkownik zostanie poproszony o umieszczenie karty w czytniku i wybór certyfikatu kwalifikowanego zapisanego na karcie, przy pomocy którego zostanie złożony podpis.

• po umieszczeniu karty w czytniku i wyborze certyfikatu zostaniemy poproszeni o wprowadzenie kodu PIN. 
  Uwaga: PIN należy wpisać zanim niebieski pasek wypełni szare pole.

• jeżeli prawidłowo wpisaliśmy kod PIN, to zostaniemy poinformowani o pomyślnym złożeniu podpisu elektronicznego. Teraz możemy uzyskać informacje dotyczące podpisu, przejść do złożenia nowego podpisu lub zakończyć pracę programu.